La acción se inicia en Redención, coincidiendo con la partida de Valera a la reconquista del Sistema Solar oprimido por la Bestia Gris, por lo que en uno de los primeros capítulos tenemos ocasión de asistir a la conmovedora ceremonia de despedida del Autoplaneta.
Los protagonistas son el capitán Alfonso Ríos y la teniente Irene Llosa, miembros de una escuadrilla de topos, vehículos subterráneos creados expresamente para explorar las cuevas y galerías que horadan la corteza de Redención, en una labor de vigilancia ante un posible resurgimiento de la Humanidad de Silicio.
Vale la pena comentar que un personaje secundario muy interesante es el comodoro Josafat Aznar, teniendo así ocasión de conocer el pasado de este oficial que más adelante llegaría a almirante y finalmente a convertirse en el dios Haakón, malvado co-protagonista de la novela de George H. White MANDO SINIESTRO.
Tras unas primeras misiones rutinarias, asistimos a un extraordinario descubrimiento: una red de galerías artificiales que si bien en un principio se cree han sido creadas por los Ricardo Balmer y la princesa Tinné Anoyá.
Es en ese mundo subterráneo donde tienen lugar una serie de aventuras que justifican el título de la obra: Guerra en las profundidades, entremezclándose angustiosas exploraciones por aquel dédalo de galerías con feroces combates estilo comando entre los soldados del capitán Ríos y los hombres de cristal, que estaban aprovechándose de la tecnología encontrada en aquel complejo subterráneo.
Finalmente los protagonistas regresan a la superficie, sin haber podido tampoco descubrir los principios en que se basaban las máquinas de aquellos extraños semidioses ni conocer exactamente cuál es la fuerza real de la Humanidad de Silicio y sus intenciones, quedando así la situación planteada para una posible continuación que nos lleve a conocer como se desarrolló finalmente la lucha entre los redentores y los hombres de cristal.