La Enterprise ha sufrido un sabotaje, de cuya investigación se encarga el doctor Spock. A partir de ella, Spock se alía con los irreconciliables enemigos de la Federación, los klingon, para oponerse a los aún más feroces tomariianos. Por ello, Spock es declarado traidor y condenado a presidio. Y Kirk, mientras la seguridad del universo se encuentra en peligro, tiene que enfrentarse a la injusta situación de su mejor amigo...