Cuatrocientos años después de lo narrado en El juego de Ender y 2.650 años antes de La voz de los muertos, transcurre la historia que se narra en Ender en el exilio. Tras vencer a los insectores y dejar la Escuela de Batalla, Ender Wiggin parte en busca del planeta en que se habían reunido las «reinas colmena» para intentar entender por qué se hallaban todas en un único sitio, haciendo con ello a su especie tan vulnerable.

Ender recala en la colonia Ganges, fundada por Aquiles, su antiguo lugarteniente en la Escuela de Batalla. Pero el comandante de la nave que lleva a Ender desea ser el poder en la sombra detrás de éste o enviarlo de nuevo a la Tierra para quedarse con el poder absoluto.

Ender, ahora de trece años de edad, ve venir el golpe y lo previene, ya que sigue siendo un excepcional estratega.