AUTONOMOUS presenta a una pirata farmacéutica rakish llamada Jack que atraviesa el mundo en su propio submarino. La famosa droga de Jack, heroína al estilo Robin Hood que lucha por llevar drogas baratas a los pobres, está dejando un rastro de sobredosis letales en lo que solía ser América del Norte: una droga que obliga a las personas a convertirse en adictas a su trabajo.

En el camino de Jack hay una pareja ciertamente poco común: un agente militar emocionalmente cerrado y su compañero, Paladin, un joven robot militar, que se enamora de todas las expectativas. Entre todos lucharán para detener la extraña epidemia de drogas que está destrozando vidas, causando que los trenes se estrellen e inundando la ciudad de Nueva York.